Subito dopo l’insediamento a Valletta, i Cavalieri sentirono la necessità di costruire una chiesa dedicata a San Giovanni Battista, il loro patrono, un edificio che contribuisse a forgiare una solidarietà tra le diverse nazionalità in cui si dividevano i Cavalieri e fosse simbolo della potenza dell’Ordine. Progettata dal grande architetto maltese Gerolamo Cassar, la chiesa fu costruita nel 1573 in soli tre anni, elevata al rango di co-cattedrale, insieme a St Pawl a Mdina, nel 1816. Furono molte le richieste dei committenti con le quali Cassar si trovò ad avere a che fare. La chiesa doveva infatti essere adeguata alla serietà di un ordine militare e così il portone, fiancheggiato da due colonne, pare essere quello di un edificio civile piuttosto che religioso. Entrando, ci si lascia alle spalle il rigoroso equilibrio della facciata, e si viene stupiti da una decorazione sontuosa e quasi eccessiva, realizzata con materiali, colori e stili che si sono stratificati con il passare del tempo. Si cammina sotto una volta affrescata dai fratelli Cottoner con 18 episodi della vita di Giovanni Battista e su un’ininterrotta successione di oltre 400 pietre tombali, in marmi policromi, sotto cui riposano i Cavalieri dell’Ordine di San Giovanni. Alle pareti delle cappelle, capolavori pittorici di grandi maestri, tra cui Caravaggio, Guido Reni, Erardi e numerose opere di Mattia Preti. L’altare maggiore e il coro sono una stupefacente opera di intarsio di lapislazzuli, pietre, marmi policromi e metalli argentati e dorati. Gruppi scultorei, preziosi mobili, scenografici monumenti funebri dedicati ai Gran Maestri dell’Ordine.