La più vasta raccolta di belle arti della città, nota per le molte tele di El Greco e della sua scuola che espone, ha sede in un ex ospedale eretto nel 1504. Straordinario è l’impatto scenografico della facciata e delle finestre, in un rutilante stile plateresco che contrasta con l’austerità del resto dell’edificio. Il museo accoglie, oltre agli straordinari dipinti di El Greco, anche una sezione di archeologia e una di arti applicate. Di gran pregio anche il bellissimo arazzo fiammingo del ’400, detto degli Astrolabi o dei segni dello Zodiaco. Nel piano superiore è allestita una raccolta di ceramiche.