Rimane il portale in pietra sul lato nord a ricordare la prima chiesa, eretta nel XIII secolo da mercanti tedeschi provenienti dall'isola di Gotland. È uno dei più antichi luoghi di culto di Tallinn, intitolato a S. Nicola di Bari, patrono dei marinai, che qui, in questa città porto e crocevia tra Occidente e Oriente, erano e sono numerosi. Rimaneggiata nel corso dei secoli, la chiesa venne dotata di cappelle e di una torre, la cui guglia comparve solo nel 1695. Ricostruita dopo i bombardamenti sovietici del '44, venne convertita a museo di arte medievale e a sala concerti. Dell'arredo originale si sono conservati la pala dell'altare maggiore (XV secolo), la famosa “Danza macabra” di Bernt Notke (XV secolo) e il sarcofago di Kelch (XVIII secolo), che è in realtà è più un memoriale, dato che il corpo del cronachista è sepolto sotto il vecchissimo albero di tiglio all'esterno di Niguliste Kirik.