Museo di origini patriottiche, fu fondato nel 1818 allo scopo di dare un fondamento storico-artistico all'identità ceca. Dal 1890 è ospitato in un grandioso edificio neorinascimentale (progettato da Josef Schulz) su piazza Venceslao, dalla facciata trionfale che ricorda quella del Louvre. All'interno, dalla sola grandiosità del Pantheon si apprezza il carattere nazionalista del museo. Da qui si accede alle sale dedicate alla preistoria del territorio ceco. Per un corridoio aperto sullo scalone d'onore si passa nelle quattro sale di mineralogia, spettacolari anche per i non addetti ai lavori, per la bellezza dei cristalli e delle pietre in mostra. Al secondo piano sono esposte le raccolte di zoologia, con ben sette sale di animali imbalsamanti, in una delle quali si trova l'impressionante scheletro di una balenottera, lungo ben 22.5 metri. Come in altre istituzioni del genere, il Museo nazionale si compone di sezioni diverse ubicante in altre sedi praghesi, tra cui quelle di storia (palazzo Lobkowitz), etnografia (raccolta Náprstek), musica (musei Smetana) e sport (palazzo Michna).