Con decreto regio del 22 dicembre 1808 Gioacchino Murat, generale francese, re di Napoli e maresciallo dell’Impero sotto Napoleone Bonaparte, decise di creare un Archivio Generale del Regno con il fine di accorpare in un unico complesso gli archivi delle diverse istituzioni esistenti (tra gli altri si ricorda la Regia Camera della Sommaria, le Cancellerie delle antiche dinastie, le Segreterie di Stato di epoca vicereale, i supremi organi consultivi dello Stato).
Divenuto Grande Archivio del Regno, nel 1815, a seguito della restaurazione borbonica, vi si riversarono gli incartamenti degli enti amministrativi chiusi e, con sistematicità, i documenti prodotti dalle amministrazioni vigenti. A seguito dell’Unità d'Italia (1860) la sua ricchezza venne rimpolpata grazie all’acquisizione degli atti dei ministeri borbonici e degli organismi centrali quali la Consulta di Stato, la Gran Corte dei Conti e gli atti degli uffici statali della provincia di Napoli fatta eccezione per l’Archivio del Municipio di Napoli poi distrutto.
Primo Direttore del Grande Archivio, dopo l’Unità di Italia, fu Francesco Trinchera che, utilizzando come base il lavoro di Michele Baffi, elaborò il volume Relazione degli archivi napoletani; la prima guida sistematica all’Archivio di Stato di Napoli. A Francesco Trinchera seguirono Camillo Minieri Riccio (1874-1882), Bartolomeo Capasso (1882-1900), Eugenio Casanova (1907-1915) e Riccardo Filangieri di Candida (1934-1956) sotto la cui gestione vennero riversati nel Fondo i documenti degli archivi privati sopravvissuti alla Seconda Guerra Mondiale.
Tra gli istituti archivistici quello di Napoli subì i maggiori danni a causa della guerra poiché molti antichi e preziosi documenti traslati in un deposito presso Nola proprio per preservarli dai bombardamenti furono intercettati da un reparto tedesco e distrutti nel 1943.
Nel corso del XX secolo l’Ente che aveva perso la sua natura di archivio della capitale si occupò di raccogliere e preservare quanto ricevuto dagli organismi a carattere provinciale o locale (a esempio Prefettura, Questura, Catasto provvisorio della città).
Oggi l’Archivio di Stato di Napoli si articola in tre sedi: il Monastero di Santi Severino e Sossio, Palazzo Carafa Loffredo a Pizzofalcone, Castel Capuano.
Il primo piano del Monastero dei Santi Severino e Sossio, articolato in quattro eleganti chiostri, si presenta come la sede musealizzata dell’Archivio ospitando la più importante Sala studio, la Sala inventari, la Sala accoglienza, la Sala del Capitolo arricchita dal ciclo cristologico di Belisario Corenzio (inizio XVII sec.), il Grande Refettorio. Se il terzo piano del Monastero ospita reperti di età romana, strumenti ottocenteschi, il quarto piano presenta sale monumentali tipiche dell’inizio dell’Ottocento che custodiscono importanti documenti. A completare il complesso si ricordano i depositi ove sono dislocati sessanta chilometri lineari di documenti di fondamentale importanza per lo studio della storia medievale, moderna e contemporanea d’Europa. Degno di nota è il patrimonio notarile (dal XV al XIX secolo) e le raccolte private delle famiglie gentilizie; ricordiamo i Giudice di Cellammare, Sanseverino di Bisignano, Caracciolo di Santobono. Tra gli archivi privati di grande importanza anche quelli dell’intellettuale Paolo Ricci e della scrittrice Anna Maria Ortese. Di particolare interesse: l’Archivio Borbone (acquistato nel 1951); il Codice di Santa Marta con le pergamene che danno testimonianza degli stemmi dei sovrani e delle principali famiglie del Regno; la raccolta di sigilli e matrici e la Carta lapidaria (marmo inciso del VIII secolo proveniente da Cuma; il documento più antico ivi conservato).
Più recentemente, dal 2024, anche Castel Capuano ha destinato parte della propria superficie ad archivio di deposito dell’Archivio di Stato di Napoli. Il complesso, per secoli centro della vita giudiziaria del Viceregno e del Regno di Napoli e sede dei tribunali dello Stato dal 1809 al 1845 ospitò l’Archivio Generale del Regno istituto da Giuseppe Napoleone. Oggi preserva gli atti giudiziari elaborati nella seconda metà del Novecento dagli uffici periferici dello Stato come a esempio documenti della Corte di Appello di Napoli e delle Prefetture di Pozzuoli, Portici e Capri e incartamenti del Tribunale di Napoli che disciplinano fallimenti ed espropriazioni.