Divinità dell'amore e della gioia, madre di tutti gli dei, Hathor non poteva che essere celebrata in un santuario grandioso, iniziato e forse completamente costruito sotto Tiberio. Tenuto conto dello stile delle sculture e dei cartigli rinvenuti nelle cripte, si può far risalire la costruzione attuale al regno di Tolomeo XII Aulete (88-51 a.C.), anche se si tratta della ricostruzione di un edificio molto più antico, come si intende dalle scritte in una delle cripte, che si riferiscono ai restauri operati durante il regno di Thutmosi e che ne fanno risalire la fondazione all'epoca di Cheope. È privo di cortile, ma con cinta muraria, pronao, naos e una sala ipostila (18 colonne) che in origine non era parte del tempio vero e proprio, ricoperta da bellissime decorazioni nelle quali il re è sempre ritratto in presenza della dea. Si passa al vestibolo, a sei colonne, decorato con scene che ricordano le cerimonie del re per la fondazione del tempio. Seguono i magazzini, dove si preparavano gli unguenti, le essenze per le statue e dove si ricevevano i doni e le offerte portate al tempio. Il sacrario (detto “grande sedia” o “sedia venerabile”) conteneva una piccola cella nella quale era conservato il simulacro della dea; tutt'intorno, il corridoio dei misteri, che collegava le 11 cappelle divine e isolava il cuore del tempio. Dalla sala centrale si passa ai luoghi della Festa dell'Anno Nuovo: il cortile della Prima Festa, le terrazze e la sala pura (Wabit), dedicate a cerimonie particolarmente solenni. Altri monumenti, tra cui il tempio del parto (il mammisi di Nectanebo I), quello di Iside-Hathor, la chiesa copta, il sanatorium e il lago sacro, completano l'area dedicata al culto di Hathor.