Il claustro Principal si presenta su due piani (quello superiore non è accessibile) collegati da uno scalone con volta ornata dalla Gloria della Monarchia spagnola di Luca Giordano. Al centro del chiostro si erge un tempietto ottagonale di Juan de Herrera, mentre sulle pareti si ammirano gli affreschi con le Storie della Salvazione di Pellegrino Tibaldi.