La prima delle raccolte cui conduce il percorso di visita è il Museo degli Arazzi, con lavori cinquecenteschi. Si incontra quindi il famoso dipinto di El Greco con il Martirio di San Maurizio. Si scende poi al Museo di Architettura, che ricorda le fasi costruttive del complesso ed espone disegni di Juan de Herrera. Si sale infine al Museo di Pittura, con tavole di soggetto prevalentemente religioso. Bellissimo il dipinto del Calvario di Rogier Van der Weyden e notevoli, fra le opere di pittura italiana, una Natività del Tintoretto, una Deposizione del Veronese e una Addolorata di Tiziano.