La chiesa era parte dell’omonima abbazia, con Ste-Geneviève la più antica della Rive Gauche e la più densa di storia. Sorta in origine nel 557-58 per accogliere le reliquie di san Vincenzo portate dalla Spagna, venne chiamata per molto tempo Ste-Croix-St-Vincent e prese il nome attuale solo dopo la morte di Germano vescovo di Parigi, che l’aveva consacrata e che qui fu sepolto (576). Oggi appare molto trasformata dai continui rimaneggiamenti, cosicché solo le pareti del campanile fin sotto le arcate e i sostegni della navata, che fu coperta da una volta nel XVII secolo, testimoniano del periodo medievale. In quel tempo il complesso abbaziale splendeva per cultura ed era indicato come «la città di St-Germain», perché si trovava al di fuori della cinta costruita da Filippo Augusto e le leggi in vigore all’interno delle sue mura erano diverse da quelle imposte nella capitale. Nel 1790 l’abbazia venne soppressa; nel 1794 un incendio devastò la biblioteca e furono distrutte le statue del portale principale; infine, al principio del XIX secolo, venne demolita. Tuttavia la chiesa si salvò e l’architetto Godde la restaurò nel 1821-23, Hippo­lyte Flandrin dipinse navata e abside tra il 1848 e il 1861, mentre Victor Baltard alterava i capitelli originali. All’interno è custodita una statua quattrocentesca della Madonna col Bambino proveniente da Notre-Dame.