Quando se ne avviò la costruzione agli inizi del Duecento, il romanico era ancora in voga, e in questo stile vennero realizzati il coro orientale e la navata. Il passaggio in corso d’opera tra il romanico e il gotico si legge bene nelle quattro torri che svettano imponenti sull’abitato, immagine simbolo di Naumburg, nel coro ovest, edificato in questo stile, e nella rivisitazione gotica del precedente coro est. Segna l’ingresso a quello occidentale, illuminato da vetrate duecentesche, una Crocifissione del Maestro di Naumburg, a cui pure sono attribuite le Scene della Passione di Cristo (1250) e le statue dei Donatori, la cui raffinatezza e profondità di espressione le rendono capolavori della scultura tedesca. Il coro orientale, sopraelevato per la presenza della sottostante cripta romanica, presenta altre opere della bottega di Naumburg, tra cui il sarcofago del vescovo Dietrich II (1260) e le statue presso l’altare.