Nel mese di agosto del 1576 la città di Milano, allora sotto la dominazione spagnola, fu sconvolta da un’epidemia di peste.
Il primo argine contro il crescente male fu posto da Carlo Borromeo con la realizzazione del Lazzaretto di San Gregorio, l'elargizione di viveri e denaro e la creazione di posti di lavoro. La pestilenza continuava a imperversare; vennero quindi istituiti tre giorni di processione e preghiera per implorare la misericordia di Dio. I milanesi (esortati dal Borromeno) promisero una particolare devozione a San Sebastiano; offrirono digiuni, processioni e l'edificazione, a spese delle città, di una chiesa - ex voto - dedicata al martire.
Sul luogo dove sorgeva l’antica chiesetta di San Tranquillino, all’interno della quale era posto un altare dedicato a San Sebastiano, venne eretto il Tempio Civico.
Il progetto, probabilmente a firma di Pellegrino Tibaldi richiamava nelle forme il Pantheon di Roma, la vicina Basilica di San Lorenzo e i martyria paleocristiani. Al Tibaldi, trasferitosi a Madrid per lavorare al Monastero dell’Escorial, seguirono Giuseppe Meda (1587-1592), Dionigi Campazzo (1595), Pietro Antonio Barca (1598-1602) e dal 1616 Fabio Mangone.
Oggi l’ordine inferiore del Tempio di San Sebastiano restituisce, nel prospetto sulla via, l’articolazione interna: archi a tutto sesto e lesene doriche in corrispondenza delle porte di ingresso e delle cappelle. Il secondo livello, ripensato da Fabio Mangone (con variazioni rispetto al disegno del Tibaldi), risulta arretrato rispetto alla pianta. Si innalza per due piani ed è caratterizzato da lesene ioniche e contrafforti binati, edicole con timpano triangolare e semicircolare alternate, cornici e una balconata. Ad arricchire la struttura si aggiungono l’ingrandimento del presbiterio quadrato, la cupola a sesto acuto eretta nel 1601 e l’elaborato lanternino che completa la costruzione in altezza.
L’interno presenta una pianta circolare movimentata dall’apertura di quattro cappelle. Sul livello inferiore in pietra e movimentato da lesene doriche si eleva un tamburo con finestre rettangolari e una volta ovale. La prima cappella, entrando a destra, è dedicata a Sant’Eligio e arricchita dalle opere di Stefano Maria Legnani e Andrea Lanzani. Segue la cappella dell’Annunciazione con la Strage degli innocenti del Montalto a caratterizzare la lunetta. Sul lato sinistro: la cappella di San Sebastiano presenta due tele di Filippo Abbiati e sopra l’altare la copia di un dipinto di Vincenzo Poppa (l’originale è custodito nella pinacoteca del Castello) con il martirio del santo. Il lavoro dell’Abbiati caratterizza anche la lunetta della attigua Cappella della Pietà con il gruppo scultoreo di Benedetto Cacciatori che si staglia nello spazio.
Nel presbiterio troneggia, tra la Circoncisione di Gesù (Federico Barocci?) e la Vergine con San Francesco (Francesco Brizzi), l’altare maggiore di Giuseppe Merlo in marmo. Oltre il battistero si erge il coro in noce e radica; lo sovrastano una Santa Caterina d’Alessandria (Andrea Lanzani), un San Carlo fra le capanne degli appestati e un'Estasi di San Filippo Neri (collaborazione tra Antonio Maria Ruggeri e Federico Bianchi). A colpire l’attenzione dei visitatori sono i quattro Evangelisti e i quattro Dottori della Chiesa affrescati da Agostino Comerio negli otto grandi spicchi della cupola e i profeti e le sibille (Lazzaro Pasini, 1932) che ne impreziosiscono il tamburo.
Il Tempio Civico di San Sebastiano è un luogo di culto particolarmente sentito dai vigili urbani di Milano e dagli orafi che venerano Sant’Eligio. Il 20 gennaio viene officiata una solenne celebrazione presieduta dalle autorità civili ed ecclesiastiche per onorare il santo patrono nel ricordo degli eventi che portarono all’erezione del complesso.
