Il materiale raccolto durante le spedizioni scientifiche della seconda metà del Settecento costituisce il nucleo più antico di questo museo, che ripercorre le varie tappe del rapporto fra la Spagna e il Nuovo Mondo. Tra i pezzi di arte precolombiana, si segnalano soprattutto i reperti del tesoro dei Quimbayas, codici maya e aztechi, una collezione di arte inca. Ragguardevoli anche gli oggetti dei nativi nordamericani e il salone dedicato all’arte popolare dell’America Latina.