Da piazzale dei Marmi si entra in questa complessa struttura bastionata, costruita tra 1518 e 1534 da Antonio da Sangallo il Giovane inglobando il mastio di Matilde (un torrione cilindrico di metà ’200), la Quadratura dei Pisani (una rocca del 1377) e la base di una più antica torre quadrata, costruita già attorno al Mille.<br>Ne risultò una cittadella isolata dalla terraferma, fondata in parte sullo scoglio e in parte su palificazioni infisse nel fondale marino, dotata di bastioni, camminamenti, piazzali, due ingressi via acqua e gallerie sotterranee. Serviva a più funzioni: distribuzione di uomini e mezzi, deposito, e ‘contromina’, ovvero deflusso di fumi e contenimento di danni nel caso di e­splosione di mine nemiche.<br>Sul bastione della Canaviglia si trovava il dispositivo di chiusura al bacino navale, comandato da un argano.<br>Il palazzo voluto da Cosimo I è andato perduto con i bombardamenti del 1943. Rimangono la palazzina di Francesco I (del 1580) e la chiesa di S. Francesco, oggi isolata.