Non era stata ancora completata che era già stata testimone di importanti pagine di storia: dopo due concili, ospitò la consacrazione di due papi e il matrimonio di Enrico IV con Maria de' Medici. La chiesa, che domina il quartiere medievale e rinascimentale della Vieux Lyon, fu costruita nel corso di trecento anni, tra il 1180, anno a cui risale l'abside romanico, e il 1500, quando fu realizzata la chapelle des Bourbons, in uno stile gotico-fiammeggiante che contrasta con le linee romaniche del coro, del transetto e delle cappelle laterali. Completata nel XV secolo con l'aggiunta delle due torri laterali, la navata presenta un grande rosone centrale sotto cui si aprono tre portali decorati con angeli, santi e preziosi bassorilievi. L'interno di St-Jean, a tre navate divise da grandi arcate, custodisce un orologio astronomico del XIV secolo rifatto in forme barocche, che indica la data (esatta fino al 2019), le posizioni della luna e del sole, e il sorgere delle stelle sull'orizzonte a Lione. Orna l'orologio una serie di automi rappresentanti l'Annunciazione.