Voluta dal re Ferdinando I per accogliere le spoglie di san Isidoro e consacrata nel 1063, questa splendida chiesa romanica sorge in un luogo già intriso di simbolismi religiosi: è stata infatti edificata sul sito di un monastero ottocentesco, a sua volta costruito su un tempio dedicato a Mercurio. Si accede dal fianco meridionale della Basilica, dove si aprono la Portada del Cordero, con il sacrificio di Isacco nel timpano, e la Portada del Perdón con scene della Deposizione e dell’Ascensione. Nella capilla Mayor si trovano un retablo rinascimentale e la cassa in argento con il corpo di san Isidoro. Da una porta all’esterno della chiesa si entra al Panteón de los Reyes, un portico della metà dell’XI secolo, decorato da preziosissimi affreschi romanici che raffigurano il ciclo della Salvazione e quello dei mesi. Sotto le volte, i sarcofagi di 11 re, 12 regine e 21 membri delle famiglie reali di Castiglia e León. Dal pantheon si sale all’Archivio-Biblioteca che custodisce un migliaio di testi rari (tra cui una Bibbia visigota miniata del X secolo), documenti in pergamena e 300 incunaboli; accanto alla biblioteca, il Museo-tesoro espone pezzi di eccezionale valore, tra cui l’arca di san Isidoro (1065 circa), quella smaltata di Limoges (XII secolo), oggetti d’arte araba e lo splendido calice di doña Urraca del XII secolo.