È circondato dall'attuale tessuto stradale il tetto dell'antico tempio di Khnum, uno di quei monumenti che valgono il viaggio. Si è alzato di ben 9 metri il livello del suolo della città, dai tempi in cui Isna era Latopolis, così chiamata perché qui si venerava il pesce sacro “lates niloticus”, manifestazione della dea Neith (identificata con Atena dai greci).
Tappa sulle strade carovaniere che salivano dal Sudan, Isna ha a lungo avuto una certa notorietà come centro di commercio. Ma è nel XX secolo, con la costruzione del ponte-diga (1906-08) che collegava le due sponde del Nilo, che Isna si è trasformata in una grande e prospera città agricola.