Custodito in un locale a sinistra del presbiterio, raccoglie circa 200 antichi reliquiari, veri capolavori dell’oreficeria sacra. Si ammirino soprattutto il reliquiario con il capo di S. Biagio, finissimo lavoro bizantino in oro e smalti del XI-XII secolo, con parti in filigrana realizzate da maestri ragusei, il reliquiario del braccio di S. Biagio (XIII secolo) e quello della S. Croce, con un frammento ligneo ritenuto appartenente alla croce sulla quale venne crocifisso Gesù. Particolarmente raffinati sono il boccale e il catino in argento dorato con miniature di animali e insetti, realizzati intorno al 1550 da orafi ragusei e destinati a Mattia Corvino re d’Ungheria e Croazia. Tra i dipinti custoditi nel tesoro, un’Adorazione dei Magi di scuola fiamminga e un tondo su tavola con la Madonna della Seggiola, forse replica di mano di Raffaello del celebre dipinto custodito nella Galleria di palazzo Pitti a Firenze.