Testimonianza dello sviluppo della cultura nel territorio cremasco, le collezioni presenti nel Museo si sono formate seguendo vie differenti: selezione di reperti; acquisizioni; donazioni; prestiti; scambi e scoperte fortuite come avvenne a esempio nel caso delle piroghe.
Proprio a queste imbarcazioni, nel 2010, è stata dedicata una sala a documentare l'archeologia fluviale tra l'Adda e l'Oglio. Delle tredici piroghe, rinvenute nella seconda metà del XX secolo, ne sono state esposte quattro. Questi manufatti venivano utilizzati per spostarsi lungo le principali vie d'acqua, per le merci e la pesca.
Qualche anno dopo, nel 2015 è stata inaugurata un'altra sala per raccontare lo sviluppo dell'arte organaria nel territorio. Si ricorda la figura di Giuseppe Franceschini che dal 1850 inizia a manutenere il patrimonio organario presente nel cremasco e fonda la sua bottega. Tra gli allievi più dotati bisogna citare Pacifico Inzoli (1843-1905) che nel 1867 istituisce il più importante laboratorio specializzato della zona e introduce un nuovo organo con due tastiere e pedaliera a 27 pedali. Seguendo gli insegnamenti di Inzoli si formarono celebri artigiani. Ricordiamo: Agostino Benzi, Giovanni Roboli, Andrea Nicolini e Giovanni Tamburini. A Tamburini è da collegare la più importante fabbrica di organi del Novecento. Importante anche la tradizione dei cannifonisti cremaschi.
