Ospitato nel duecentesco convento dei Domenicani di Unterlinden, centro di cultura tra ‘300 e ‘400, il museo raccoglie i maggior capolavori di arte religiosa che si trovavano in Alsazia al momento della chiusura degli edifici religiosi seguita alla Rivoluzione del 1789. Ricca la sezione archeologica, quella di arte applicata e la raccolta di arte moderna, con lavori di Braque, Léger, Picasso, Renoir, Monet, Rouault e Mathieu. Sono però le collezione di pittura e scultura medievale e rinascimentale ad avere maggiore rilevanza nell’esposizione museale, tra cui diversi i lavori di Martin Schongauer, il più importante artista di Colmar. Dopo aver ammirato le sculture gotiche proveniente dalla Cathédrale St-Martin, si passa dal bel chiostro del convento per arrivare in una sala dove, tra i capolavori, sono esposti una Crocifissione e una pala d’altare del XV secolo. Entrambe riconducibili al gotico e su fondo oro, la prima vede l’affollarsi dei personaggi, la seconda ha una composizione più essenziale; nella sala si trova anche il polittico di Bergheim, nel quale domina un gusto estetizzante: si osservino i movimenti, le proporzioni irreali e l’ambientazione della predicazione del Battista. Il maggiore capolavoro del Museo è un polittico cinquecentesco, eseguito da Grünewald per il convento degli Agostiniani di Issenheim: la successione di dipinti dà luogo ad una sorta di libro i cui fogli, le tavole, venivano esposti a seconda del calendario liturgico.