Allestito nella nuova sede, il Museo presenta gli affreschi di Benozzo Gozzoli e della sua scuola realizzati nel 1484 per il tabernacolo della Madonna della Tosse (frazione Castelnuovo) e nel 1490 per il tabernacolo della Visitazione (via Gozzoli). Gli affreschi, di grande pregio, sono stati restaurati ed esposti con una ricostruzione corrispondente all'originale.