L’attuale allestimento, moderno e razionale, consente di apprezzare al meglio le tre grandi collezioni che compongono il museo. All’edificio si accede da nord, cioè dalla facciata curvilinea sulla punta settentrionale dell’isola. Qui, al primo piano, si supera la Cupola Grande e passando per la Sala Kamecke si entra nella Basilika. La Cupola Grande annuncia la magnificenza del museo, che al primo piano raccoglie innumerevoli opere d’arte riferite a un arco di tempo assai ampio, dall’alto medioevo alla fine del Settecento (con alcuni pezzi di età romana). A sinistra della Basilika la sezione chiamata Museum für Byzantinische Kunst, dedicata all’arte bizantina, ospita sarcofagi e sculture risalenti agli albori della cristianità, cui si aggiungono icone e altre opere d’arte postbizantine. Notevole il grande mosaico dalla cappella di S. Michele in Ravenna, risalente all’anno 545, a lungo rimasto conservato in casse fino all’esposizione nel museo; come del resto un’icona a mosaico con Cristo misericordioso (XII secolo) e una pisside con Cristo fra gli apostoli e i sacrifici di Abramo (IV-V secolo). La ricchezza e la varietà degli avori, delle icone a mosaico e degli oggetti religiosi provenienti da quasi tutti i paesi del Mediterraneo fa di questa sezione del museo la seconda raccolta d’arte bizantina al mondo dopo quella del Museo archeologico di Istanbul. Altro vanto del museo è l’adiacente sala dedicata alla scultura italiana, con molte opere di Giovanni Pisano (XIII-XIV secolo), un pregevole Cristo di Arnolfo di Cambio, due pale d’altare di Puccio di Simone e ancora opere di Andrea Pisano, Nino Pisano, Antonio Bonvicino, Tino di Camaino e altri. Interessantissima anche la sezione romanica e quella dedicata alla scultura tedesca con opere di Hans Multscher, Nicolaus van Leyden, Tilman Riemenschneider e altri. Sulla destra rispetto alla Basilika ci sono le sale dedicate al periodo tra il rinascimento e il barocco in Italia e a quello tra il gotico e il barocco in Spagna. Le sale al secondo piano sono dedicate a sculture e pitture del periodo compreso fra il XV e il XVIII secolo, divise per paese di provenienza: in sequenza, si passa dal rinascimento tedesco al rinascimento francese e olandese, dal classicismo tedesco e francese al barocco tedesco e olandese; una sala è dedicata al Tiepolo. Quattro sale più piccole sul fianco occidentale dell’edificio ospitano il Münzkabinett, una delle più vaste e complete collezioni numismatiche al mondo: con ben 500.000 pezzi, tra cui circa 102.000 monete dell’antica Grecia e 50.000 romane, illustra l’iconografia, i metodi e le tecniche della produzione monetaria nel corso dei secoli, fino a oggi. Vi sono custodite una delle prime monete (VII secolo a.C.) e curiosità come una moneta canadese in oro puro, del peso di 100 kg. Una scala scende a una biblioteca specializzata in numismatica con piccola sala studi; previo appuntamento, è possibile esaminarvi pezzi che per ragioni di spazio non si trovano nell’esposizione permanente. La sezione al piano inferiore completa le precedenti con una grande sala (corrispondente alla superiore Basilika) dedicata a opere romaniche provenienti dall’Europa centrale e meridionale. Vi è allestita una Kindergalerie, laboratorio di giochi didattici per avvicinare i bambini alle tecniche artistiche e lasciarli in un posto sicuro, e piacevolissimo, durante la visita.