Oltre all’edificio, i bombardamenti dell’ultima guerra danneggiarono decine di migliaia di reperti, con la sola eccezione di quelli che erano stati imballati e messi al sicuro. Nel dopoguerra moltissimi pezzi passarono come bottino di guerra nelle mani degli Alleati e dell’Armata Rossa e molti si trovano ancora in Russia. Riaperto nel 2009, il museo è tornato a esibire l’antico splendore non solo per i capolavori esposti, ma per la sua stessa architettura. I grandi spazi, l’allestimento moderno e l’utilizzo di materiali all’avanguardia lo rendono molto fruibile. Si parte dal piano terra (livello 1), dove si trovano alcune sale introduttive alla vasta sezione egizia. Al piano ribassato (livello 0) sono allestite alcune sale dedicate all’habitat della valle del Nilo e alla vita quotidiana degli egizi. Il piano superiore (livello 2) costituisce il corpo principale del museo; vi si trovano alcuni tra i pezzi più pregevoli. Il piano è occupato in parte anche dalla ricca sezione di preistoria, protostoria e antichità classiche: dall’archeologia delle province romane agli albori del cristianesimo. La sezione prosegue al piano superiore (livello 3), in un percorso che parte dall’età della Pietra e giunge fino all’età del Ferro. La collezione Schliemann, comprendente il tesoro di Priamo, si trova al livello 1. La sezione di preistoria e protostoria, interessantissima, riunisce oltre 6000 reperti appartenenti alla collezione del Museum für Vor- und Frühgeschichte e consente di gettare uno sguardo approfondito sulla preistoria dell’Europa e delle aree limitrofe. Comprende anche oggetti di arte classica ed è distribuita sui diversi livelli del museo. Tra i pezzi di maggior pregio, al livello 3 spicca il cranio dell’Homo neanderthalensis (45000 a.C.) proveniente da Le Moustier, in Francia, e qui esposto insieme a una serie di ricostruzioni paleontologiche e a pannelli esplicativi su vita, sepolture, rituali preistorici. In esposizione anche un cranio di Homo sapiens risalente al 7608-7528 a.C. Notevole, sempre al livello 3, il Berliner Goldhut, alto cappello cerimoniale in oro risalente al primo millennio a.C., la cui decorazione veniva utilizzata come calendario astronomico per il calcolo delle eclissi e delle fasi lunari. La Collezione Schliemann, anch’essa parte della sezione di preistoria e protostoria, si trova al livello 1. Fin dalla riapertura del museo è stato ricollocato qui il cosiddetto tesoro di Priamo (3000-2000 a.C.), ovvero la collezione di Heinrich Schliemann proveniente dagli scavi condotti a Troia a fine Ottocento dal geniale e audace studioso tedesco. Vi si trovano manufatti diversi, gioielli, vasi, coppe, asce, punte di lancia. Trasportata nel 1945 in Russia come bottino di guerra e solo in parte restituita alla Germania (i pezzi mancanti sono sostituiti da copie), la collezione comprende anche reperti provenienti dall’isola di Cipro.