Ancora oggi affidato ai Domenicani, venne costruito tra il 1482 e il 1493 con i fondi confiscati agli ebrei da Tomás de Torquemada, il capo dell’Inquisizione, famoso per la sua implacabilità. Si entra nel monastero da una porta alla destra della tardogotica facciata della chiesa, e si visitano dapprima i tre chiostri. Notevole è il secondo, detto claustro del Silencio, che si apprezza soprattutto dal secondo ordine (da qui si può accedere al coro della chiesa, con notevoli stalli gotici); dall’ordine inferiore invece si entra nella parte absidale della chiesa, proprio di fronte al monumento fúnebre del príncipe Juan, unico figlio maschio dei ‘Re cattolici’, morto all’età di 19 anni; opera in alabastro del fiorentino Domenico Fancelli (1512), segna l’ingresso ufficiale in Spagna del rinascimento italiano. Sull’altare maggiore, il retablo di San Tommaso è opera di Pedro Berruguete (1493). Di fronte è la sagrestia, dove si ritiene sia stato inumato fray Tomás de Torquemada, il Grande Inquisitore. Il monastero ospita un interessante Museo de Arte oriental che espone un’ampia raccolta di oggetti e opere d’arte portati dall’Estremo Oriente dai missionari domenicani.