La chiesa e il suo convento sono documentati a partire dal 1097. S. Nicola fu poi ampliata tra 1297 e 1313, mantenendo in facciata le tarsie del dodicesimo secolo.<br>Il campanile, di metà ’200, mostra un’originale sovrapposizione di ordine: cilindrico, ottagonale, loggetta esa-decagona, cella campanaria esagonale. La scala interna a chiocciola è impostata su un ettagono a logge.<br>L’interno fu rimaneggiato nel ’600, quando si aggiunsero gli altari e la cappella del Sacramento (1614). Sono notevoli alcuni dipinti su tavola (Madonna col Bambino di Francesco Traini; S. Nicola salva Pisa dalla peste del ’400, con scorcio della città medievale) e alcune sculture lignee tra ’300 e ’400 (Madonna col Bambino di Nino Pisano, Annunciata di Francesco Vallambrino).