Sorge in un'area dell'antica città che era adibita a pubbliche funzioni, come attestano i resti, visibili sullo spiazzo adiacente alla chiesa di S. Nicola, dell’"ekklesiasterion", struttura simile a un teatro per le adunanze popolari. Accanto, il cosiddetto oratorio di Falaride, tempietto del I secolo a.C., in epoca medievale fu trasformato in oratorio mediante l'apertura di finestre ogivali. Inaugurato nel 1967, il Museo ha sede in un edificio composto da un corpo di fabbrica di nuova costruzione e dall'antica chiesa di S. Nicola. Raccoglie, oltre ai reperti di scavo provenienti da Akragas e dai siti preistorici del territorio circostante, anche opere conservate fino al 1966 nel Museo diocesano e nel Museo civico; i materiali sono esposti secondo un rigoroso criterio cronologico. Nella prima sala è collocata la pianta archeologica dell'antica Akragas, utile per la comprensione dello sviluppo urbanistico della città. Il materiale preistorico del II e I millennio a.C. è visibile nella II sala, mentre la III accoglie una ricca collezione di ceramiche a figure nere e a figure rosse, fra cui spiccano: il cratere a calice con Deposizione di guerriero (Pittore di Pezzino, circa 500 a.C.); il cratere con Sacrificio ad Apollo (gruppo di Polignoto, 440-430 a.C.); uno splendido piatto apulo (IV sec. a.C.); un frammento marmoreo di Guerriero con scudo (V sec. a.C.), unico pezzo rimasto della grandiosa decorazione scultorea del tempio di Giove Olimpico. Un colossale telamone originale del summenzionato tempio è collocato nella VI sala, dove, entro nicchie, si possono osservare tre teste di altri telamoni. La VII sala è dedicata ai reperti provenienti dal quartiere ellenistico-romano, tra cui un bellissimo mosaico, raffigurante una gazzella alla fonte (I sec. d.C.). La IX sala riunisce monete greche, romane, bizantine e normanne in argento, bronzo e oro. Fra le sculture greco-romane della X sala, è il famoso Efebo (470 a.C.), dai capelli finemente lavorati. Nelle sale successive sono collocati reperti dal Neolitico fino all'epoca della colonizzazione greca, provenienti da Sciacca, Palma di Montechiaro, Montallegro, Milena, Favara e Sant'Angelo Muxaro.