Si trova a 550 metri di quota sul versante ionico dell'Etna e ne rappresenta una delle porte naturali grazie a due strade: una, che raggiunge Nicolosi, sul versante sud, transitando per il rifugio Sapienza (m 1881), punto di patenza per le ascensioni ai crateri; l'altra, che sale al rifugio Citelli (m 1741) e poi scende a Linguaglossa, sul versante nord-est. Nel suo territorio si trovano i segni delle più immani colate laviche del vulcano: celebre è la valle del Bove, alla quale ci si affaccia con curiosità. Se alle eruzioni si sommano i terremoti, specie quello del 1693, catastrofico per il Val di Noto, si trova giustificazione della fondazione settecentesca della chiesa Madre e della datazione posteriore di ogni altro edificio monumentale. Zafferana Etnea è comune del Parco regionale dell'Etna.