La pinacoteca sorse nel 1829 come Galleria dell'Accademia e fu trasferita nell'attuale sede della Loggetta lombardesca nel 1972. Il nucleo originario comprendeva opere provenienti dagli ordini religiosi, soppressi in età napoleonica, e da depositi, alle quali si aggiunsero nuove acquisizioni. La collezione permanente si compone di opere dal XIV al XX secolo. Da segnalare il monumento funebre di Guidarello Guidarelli scolpito da Tullio Lombardo nel 1525