Il museo, allestito nel palazzo Faraggiana, è stato costituito nel 1940 grazie alla donazione di Caterina Faraggiana Ferrandi che, alla morte, lasciò al Comune la sua collezione di animali esotici imbalsamati, prima conservati nella villa di famiglia a Meina. Ulteriori acquisti e donazioni incrementarono la raccolta che conta oggi circa 2.500 esemplari, in gran parte mammiferi e uccelli, che illustrano in modo coerente le faune di tutto il mondo