Costituito da un'unica sala, l'Antiquarium di S. Ippolito conserva i principali reperti provenienti dall'antistante basilica paleocristiana. Vi sono esposti resti di epigrafi e reperti scultorei di pregio che costituivano l'unico arredo liturgico della basilica. Spicca per importanza uno dei rari esempi di ciborio carolingio quasi del tutto integro, realizzato durante il pontificato di Leone III (795-816) come attestato dall'iscrizione scolpita su un'arcata e dal sarcofago contenente le reliquie di S. Ippolito. A fianco dell'antiquarium è possibile visitare anche la moderna cappella di S. Ippolito ricostruita nel XVIII secolo