Alla fine del 2007 ha riaperto, dopo anni di chiusura dovuta a lavori di restauro, una delle più interessanti raccolte archeologiche a livello nazionale, in Italia meridionale seconda per importanza solo a quella di Napoli, la cui nascita risale al 1887. La visita ha inizio al primo piano, dedicato alla cultura funeraria della polis greca, dagli ultimi decenni del IV secolo a.C. fino alla conquista romana. Sfilano elementi architettonici provenienti dalla necropoli ellenistica o influssi di questi nel mondo àpulo (fregi, frontoni e metope ): si segnalano, in particolare, la ricostruzione del naiskos di via Umbria, un'edicola a colonne che segnava le tombe monumentali ipogee, con splendide metope scolpite, e la ricostruzione dell'accesso dell'ipogeo delle Cariatidi proveniente da Vaste (presso Poggiardo). Di eccezionale interesse sono i celebri ori di Taranto rinvenuti nelle sepolture: tra essi il celeberrimo orecchino a navicella con ricchissima decorazione realizzata a filigrana, figure femminili alle estremità e pendenti nonché il grosso pendente in oro e cristallo di rocca; lo schiaccianoci in bronzo a forma di avambracci femminili decorato da bracciali in oro e le oreficerie provenienti da Mottola e Crispiano. Ricchissimo è pure il corredo della Tomba degli Ori di Canosa, con l'eccezionale diadema in oro e smalti che fingono elementi vegetali, nonché lo scettro, la collana, gli orecchini, i bottoni, gli anelli. La visita prosegue con l'illustrazione della città conquistata dai romani: la persistenza della cultura ellenistica è testimoniata dalla copia marmorea dell'Eracle di Lisippo e dalle statue di culto. Alcuni pavimenti a mosaico risalgono a età tardorepubblicana, mentre all'età imperiale sono da riferirsi la testa di Augusto con il capo velato e le quattro statue marmoree e acefale.<br>Il secondo piano, non ancora aperto al pubblico, annovera capolavori come il celebre Zeus bronzeo rinvenuto a Ugento (530-520 a.C.) e le tombe degli Atleti (primi del V secolo a.C.), ricche di figurazioni a tema agonistico (corsa, lotta, pugilato ecc.).