Al pianterreno di palazzo Affaitati, il museo mantiene il nucleo storico formato dal lascito di Giuseppe Sigismondo Ala Ponzone (1761-1842), naturalista e preparatore ancor prima che collezionista. Il percorso prosegue con le singole discipline sistematiche (mineralogia, petrografia, paleontologia, zoologia) e si conclude con la lettura attuale del territorio e una riflessione sul tema della biodiversità.