Il museo coperto, con la sua documentazione dedicata alla marineria, arricchisce la visita dello storico quartiere portuale di Manhattan. La sezione principale è ospitata nella Schermerhorn Row e mette in mostra a rotazione modelli di imbarcazioni, dipinti, oggetti e documenti, testimoniando la vita del quartiere e i traffici del porto nei secoli passati. All’aperto, ai moli 15 e 16 sono ormeggiate le antiche imbarcazioni che formano la parte più affascinante del museo. Tra queste il «Pioneer», la goletta del 1885 che d’estate effettua dei giri turistici nel porto di New York; il brigantino «Peking», quattro alberi del 1911; il «Wavertree», a vela quadra del 1885; la goletta «Lettie G. Howard», del 1893, e la nave-faro «Ambrose», del 1908. Dai moli partono battelli della Circle Line per brevi crociere nella baia di New York, dando la possibilità di ammirare i grattacieli di Lower Manhattan da una piacevole e insolita visuale (biglietti presso il Pier 16, da fine marzo a novembre, tutti i giorni).