Il Museo della Città Civico e Diocesano è ospitato presso il Palazzo vescovile, architettura rinascimentale lungo l’asse viario della via Francigena. Il percorso espositivo si apre con la collezione diocesana, una raccolta eterogenea di opere tra cui si distinguono i dipinti su tela raffiguranti vescovi e prelati. Al centro della sala troneggia il busto marmoreo di Innocenzo X Pamphilj, opera dello scultore Alessandro Algardi. La raccolta dei paramenti sacri è costituita da parati risalenti a un periodo compreso tra il XVII e il XX secolo. La collezione comprende inoltre importanti dipinti su tavola: la lunetta con Cristo morto tra angeli (1505 circa), opera di Girolamo di Benvenuto, e la settecentesca Madonna con Bambino di Filippo Germisoni, noto come Moletta. Tappa del percorso è la cappella nella quale si è cercato di ricostruire l’antico cerimoniale liturgico con l’esposizione del paliotto del vescovo Alessandro Fedeli (1690-96) finemente ricamato in argento filato. La collezione civica è costituita da una ricca raccolta di reperti ceramici, frutto di un’intensa attività di scavo sul territorio, databili dal tardo medioevo fino al Novecento, a testimonianza di un'attività produttiva ininterrotta per secoli. L’ultimo piano ospita un settore del museo dedicato alla storia della Via Francigena, attraverso un grande plastico che ripercorre le tappe principali del percorso. In una delle due sezioni distaccate del museo, la Torre Julia de Jacopo, è possibile ammirare una raccolta di oggetti rinvenuti nell’ex convento di S. Agostino: boccali, vascelli, catini decorati con diversi motivi ornamentali (elementi geometrici e vegetali, stemmi delle casate nobiliari, iscrizioni e simbologie religiose). L’altra sede del polo museale, la Pinacoteca, ubicata nell'antica sagrestia del convento francescano, ospita una delle raccolte più rilevanti del territorio viterbese: Maestro di Marradi, Sano di Pietro, Francesco Nasini.