La città e il porto di Gnathia, posta sul confine tra il regno dei peuceti e quello dei messapi lungo la Via Traiana, rimandano subito alla menzione che ne fece Strabone nel I secolo a.C. e a Orazio, che la visitò nel 38 a.C., insieme all'amico Mecenate, dedicandole questi versi: «Gnathia lymphis iratis exstructa» (Gnathia tormentata da acque limpidissime).<br>Il sito era però già frequentato nell'età del Bronzo (XV-XII secolo a.C.), come testimonia un muraglione di pietrame rinvenuto; la prima cinta difensiva venne rinforzata nel periodo messapico, forse già a partire dalla fine del V a.C., per una lunghezza di quasi 2 km dalla parte di terra, dove se ne conserva un bel tratto; oltre questa si stendevano le necropoli - composte da sepolture a camera, a fossa e a semicamera - che hanno restituito, tra gli altri materiali, le cosiddette 'ceramiche di Gnathla' (una buona esemplificazione di tale produzione è al Museo archeologico provinciale Francesco «Ribezzo a Brindisi» e al Museo provinciale «Sigismondo Castromediano» a Lecce).<br>Del periodo ellenistico rimangono le fondazioni di un monumentale tempio del III secolo a.C. Nella stessa area si insediò la città romana di Egnatia, formatasi in età repubblicana (244 a.C. circa): la Basilica civile, il sacello delle Divinità orientali, l'anfiteatro e il foro costituivano il centro civico e istituzionale, mentre l'area 'dei servizi' (strutture produttive, fornace, deposito sotterraneo dei cereali, criptoportico) era dall'altra parte della via Traiana, che attraversava la città (il basolato reca ancora i solchi delle ruote). Alla prima età imperiale risale la creazione di un vero e proprio porto a nord dell'acropoli. Le indagini subacquee hanno fornito documentazione che rivede la prima collocazione dello scalo. Infatti l'insenatura a sud dell'acropoli, indicata come area del porto imperiale, venne in realtà usata in tempi più remoti perché maggiormente protetta; l'approdo di età romana (I secolo a.C.-I d.C.) era collocato nell'insenatura a settentrione, dove si conservano tracce dei moli e dei sofisticati sistemi di ancoraggio. Fra il IV e il VI secolo d.C. furono innalzati due luoghi di culto paleocristiani: la Basilica maggiore, con annesso Battistero, fu sede episcopale del vescovo Rufentius Egnatinus (VI secolo). La città fu distrutta da Totila nel 545, ma continuò a esistere, sebbene assai ridotta, fino al IX secolo; più tardi i suoi abitanti trovarono rifugio nelle grotte circostanti.