Si tratta di uno dei maggiori musei dedicati agli invertebrati in Italia. La prima sezione propone al pubblico i poriferi (o spugne) e i celenterati; la seconda espone artropodi, molluschi, tentacolati, anellidi, echinodermi, aschelminti, sipunculidi e tunicati; la terza raccoglie collezioni scientifiche comparative di molluschi (dei generi Allonautilus, Argonauta, Harpa, Hippopus, Nautilus e Tridacna), di livello internazionale. Di rilievo le collezioni di tentacolati e idrocoralli, uniche sul territorio campano. La collezione malacologica espone il maggior numero di specie in Campania, fra cui alcune specie in via di estinzione e altre già estinte, come alcune chiocciole arboricole delle isole dell’oceano Pacifico. Ricca di specie è la collezione dei poriferi, provenienti da tutti gli oceani. Particolare è la collezione dei merostomi oggi viventi, della famiglia dei Limuli con tutte le specie. La collezione di echinodermi, mediterranei e tropicali, presenta circa 200 specie da tutti i mari. Attraente è la lepidotteroteca con farfalle provenienti da tutti i continenti. Molti animali esposti sono in via di estinzione. Il museo è dotato di una cineteca naturalistica