Il museo, sezione territoriale del Museo tridentino di Scienze naturali di Trento, è situato all'interno dell'area archeologica dove nel 1929 è stata casualmente scoperta la zona palafitticola; successivi scavi hanno individuato i resti di un villaggio risalente al II millennio a.C. Il museo raccoglie i numerosi reperti (ceramiche, oggetti in bronzo, pietra e legno, strumenti in osso e corno) che documentano i modi di vita delle antiche popolazioni del lago di Ledro. Nelle immediate vicinanze del museo si trova Ledrolab, un centro dedicato all'educazione ecologico-ambientale e alle attività didattiche di archeologia imitativa. Nel 2006, accanto al museo e al sito archeologico, è stato inaugurato un villaggio didattico palafitticolo dedicato a sperimentare e toccare con mano la preistoria alpina