Il Museo è articolato in quattro sezioni: una dedicata alla preistoria, con un arco temporale che va dal Paleolitico all'Età del Bronzo; una seconda contenente reperti di età dauna ed ellenistica. Di notevole interesse anche i ritrovamenti di epoca romana, con la bellissima meridiana proveniente dal <i>pretorium pubblilianum</i> e diverse epigrafi dell'epoca imperiale, monete e vasellame. La quarta sezione è sul Medioevo.