Da S. Rufino, scendendo per le vie Doni e Sermei, ripidi percorsi trasversali che collegano le strade principali strutturando l'abitato da nord-ovest a sud-est, si raggiunge il secondo (per importanza) polo religioso della città.<br>Nel cuore degli assisiati è sempre aperta la 'lotta' tra san Francesco e santa Chiara, rivalità che si materializza anche nel tempio che custodisce dal 1260 il corpo della santa.<br>Consacrato nel 1265, presenta alcune analogie con il modello della Chiesa superiore di S. Francesco e sembra 'dialogare' a distanza con essa. Caratteristica la facciata in calcare rosa e bianco del Subasio, nella quale spicca l'elegantissima rosa a due giri di colonnine e archetti e l'occhio nel timpano di coronamento.<br>Allo snello prospetto danno vigore i tre caratteristici colossali archi rampanti, realizzati alla fine del XIV secolo, che sembrano voler equilibrare la spinta esercitata dalle volte.<br>L'unica e vasta navata, ricca di preziose opere d'arte, è scandita da quattro campate (corrispondenti agli archi esterni) e termina in un'abside poligonale con tre monofore. Nella cappella di S. Agnese, affreschi del '500; segue una tavola del Maestro della Santa Chiara (Madonna col Bambino, 1265) nel transetto sinistro; un Crocifisso dello stesso autore su tavola sagomata nell'abside; affreschi del giottesco Maestro Espressionista di S. Chiara nelle vele della volta; S. Chiara e otto Storie della sua vita nel transetto destro, attribuite al Maestro della Santa Chiara (1283). Per sentirsi più vicini alla leggenda di Francesco basta entrare nella cappella di S. Giorgio, della primitiva chiesetta, ora divisa da una vetrata nella cappella del Sacramento e nell'oratorio del Crocifisso: oltre all'affresco di Puccio Capanna (Madonna col Bambino in trono e santi) vi è custodito il Crocifisso (fine XII secolo) su tavola che avrebbe parlato a san Francesco in S. Damiano.<br>Passando sotto il duecentesco arco di S. Chiara per via Borgo Aretino, sulla sinistra della basilica, si può compiere una breve deviazione verso le fonti di Moiano, conosciute dal XII secolo per la salubrità delle loro acque, e alla porta Moiano, aperta nella cinta trecentesca, il cui nome deriva dall'antico «Mons Iani», in quanto qui sarebbe sorto un tempio dedicato a Giano.<br>Nel pendio al di sotto della strada si trova una sorgente curativa circondata da resti di strutture romane.