Riaperto a fine 2014 dopo un lungo restauro, il museo ha sede nell'ex convento di S. Ludovico e raccoglie un’interessante collezione di reperti fossili, paleontologici, preistorici e naturalistici di età plio-pleistocenica e provenienti dalla zona del Valdarno superiore. Emergono reperti di animali di grandi dimensioni, come quelli dei rinoceronti (Stephanorhinus jeanvireti), degli orsi neri primitivi (Ursus minimus) o dell’elefante della specie Mammuthus meridionalis, ma la collezione include anche calchi di crani di specie umane primitive. I resti appartengono a tre fasi storiche, lungo il quale si snoda il percorso, la prima fase è legata al territorio di Valdarno superiore 3 milioni di anni fa, la seconda corrisponde a un periodo fra i 3 ed i 2,5 milioni d’anni e la terza ad un intervallo di circa 200.000-100.000 anni. Nel 2016, a completare il percorso, è stata inaugurata la sezione archeologica; brocche, piatti, coppe e calici in ceramica, appartenenti all’epoca romana o etrusca e allestiti in due sale