Nato nel 1872 con le raccolte del botanico Giuseppe De Notaris (1805-1877) e poi arricchitosi con altre collezioni, il museo raccoglie circa un milione di esemplari spianati ed essiccati, divisi in cinque sezioni (due sezioni aperte alle nuove accessioni, l'Erbario generale e l'Erbario romano, più tre sezioni chiuse): l'Erbario generale, fanerogamico e crittogamico, con esemplari dall'Italia e dall'estero; l'Erbario romano, fanerogamico, con esemplari provenienti dal territorio laziale; l'Erbario Cesati (Vincenzo Cesati 1806-1883), fanerogamico e crittogamico; l'Erbario Montelucci (Giuliano Montelucci 1899-1983), fanerogamico; l'Erbario Anzalone (Bruno Anzalone), fanerogamico, con esemplari provenienti da Lazio, Abruzzo, Marche e Trentino-Alto Adige. Il museo ha sede presso il dipartimento di Biologia Vegetale