La sezione archeologica del museo raccoglie in più sale reperti di vasellame, monili, armi, monete dal V-IV secolo a.C. al I d.C., rinvenuti nell'area del Sannio Pentro e in Bojano, antica capitale; quella paleontologica conserva fossili e rudiste che testimoniano la vita nel mare della Tetide africana, che occupava l'attuale Matese. Una sezione di recente allestimento presenta costumi d'epoca e monili del comprensorio del Matese