Hanno sede nei contigui palazzi Giovio e Olginati (formatisi nel Sei-Ottocento a partire da un nucleo rinascimentale). Il museo archeologico presenta materiali di alto valore documentario: tra gli altri, un carro da parata del V secolo a.C. rinvenuto a Lazzate; ritrovamenti dell’età del Ferro in gran parte dalla grande necropoli della Ca’ Morta, area nella periferia sud di Como; reperti archeologici di Novum Comum, la splendida Como romana. L’allestimento ha un’efficace articolazione didattica, esemplificata da un profilo stratigrafico che evidenzia la successione dei depositi romani e medievali sotto la città attuale. Il museo intitolato a Garibaldi è invece dedicato al Risorgimento, ma una sezione espone anche abbigliamento e moda del XVII-XIX secolo.