Inaugurato nel 1961, il Museo dell'Abbazia occupa otto sale cinquecentesche prospicienti il chiostro esterno dell'insigne abbazia benedettina fondata nel IX secolo e compiuta tra il 1456 e il 1522. I materiali sono esposti cronologicamente, a iniziare dai numerosi resti e frammenti lapidei, architettonici, ornativi e scultorei della primitiva chiesa, la cui fondazione risale al VII secolo. Di grande interesse le oreficerie, le miniature e la serie di antichi arredi sacri. Di rilievo anche la raccolta di dipinti con opere, tra gli altri, di Bernardino Luini, Bernardino Lanzani, Giulio Campi. Il pezzo più pregiato dell'esposizione è la teca eburnea del IV secolo raffigurante Orfeo che suona l'arpa. Il Museo della Città, sistemato nei locali dell'ex refettorio e lavamani del monastero, affronta tematiche legate alla vita di san Colombano, dal preludio irlandese al suo arrivo a Bobbio. Inoltre spiega le modalità di scrittura e decorazione e l'organizzazione dello scriptorium