È la maggiore delle isole Egadi: 19 chilometri quadrati di superficie; 33 chilometri di sviluppo costiero frastagliato e punteggiato di grotte; 314 metri nell'unica modesta elevazione del monte Santa Caterina; poco appariscente ma varia, la vegetazione, per lo più erbacea e arbustiva. La natura del suolo è calcarea e l'estrazione della pietra da costruzione, impropriamente detta «tufo», è stata una delle attività prevalenti del tempo passato, come dimostrano le numerose cave a cielo aperto. L'isola deve il nome al vento di Favonio, che soffia caldo da Ponente; nell'antichità era chiamata «Aegusa» per via della forma a farfalla. Favignana è anche il nome del suo unico abitato, dove gli edifici goticheggianti della tonnara Florio evocano l'altra secolare risorsa dell'isola; ridotta la pesca ad attività dimostrativa, gli ambienti dove un tempo si ricoveravano le attrezzature e si lavorava il tonno rosso sono destinati a museo multidisciplinare. Se si eccettua il carcere di Forte San Giacomo - Favignana è una delle ultime isole a ospitarne uno - l'economia oggi è per lo più fondata sul turismo, grazie alle spiagge che interrompono un mare di scoglio molto apprezzato dai subacquei. A tutela dell'ambiente marino nel 1989 è stata creata la Riserva marina delle Isole Egadi, estesa alla vicina Levanzo e alla più esterna Marettimo.