Sotto il piazzale del Museo Francescano, gli scavi hanno portato alla luce un complesso di case-grotte che costituiscono il villaggio abitato nel I secolo d.C., ma anche oggetti che risalgono alla prima e alla media età del Bronzo. Per quanto riguarda i tempi di Gesù, il villaggio doveva essere povero, dato che non sono stati scavati reperti preziosi ma solo frantoi, cisterne, vasi per la conservazione di vino e olio, piccole macine. Recenti scoperte hanno riportato alla luce una pressa per il vino, terrazze per la coltivazione e canali di irrigazione che hanno permesso di ricostruire gli usi della comunità che viveva qui all'epoca di Gesù. Nell'annesso museo sono esposti ritrovamenti di notevole importanza dagli scavi archeologici della Basilica dell'Annunciazione e della chiesa di S. Giuseppe. L'esposizione si articola fra elementi architettonici, rilievi, ceramiche e graffiti, come l'importantissimo XE MAPIA, “Khaire Maria”, cioè Ave o Maria, la più antica iscrizione (è anteriore al 324) che rechi il nome della Vergine. Si segnala un bellissimo torso di S. Pietro con il modello della chiesa e le chiavi del Regno. Tra gli altri pezzi di pregio, cinque capitelli scolpiti per la Santa Grotta, mai utilizzati, ognuno dei quali è dedicato a un personaggio: S. Tommaso, S. Pietro, Santa Madre della Chiesa, S. Giacomo e S. Matteo.