Ricco museo d'arte, è importante soprattutto per la conoscenza della scultura portoghese ed è sistemato nell'ex Palazzo Episcopale, a sua volta costruito su una precedente chiesa romanica e il suo chiostro. Notevole è la sezione della scultura medievale, con opere romaniche e gotiche, tra cui spiccano le statue policrome (XVI secolo) provenienti dal convento di Santa Cruz e una statuetta trecentesca di un cavaliere con armatura. Fiore all'occhiello della collezione sono le sculture rinascimentali della scuola di Coimbra, provenienti dai principali edifici religiosi della città; Jean de Rouen, Nicolas Chanterène e Philippe Hodart gli artisti principali. Completano l'esposizione dipinti di maestri portoghesi, tele fiamminghe, una sezione archeologica con mosaici, lapidi e sculture, e la raccolta di scultura barocca, con presepi in terracotta.