La presenza dei Benedettini è documentata dal secolo X, fase cui vanno riferiti il corpo della chiesa, con una cupola in seguito inglobata nella torre nolare, a pianta ottagonale, e l’ordine inferiore del chiostro: quello superiore venne aggiunto due secoli più tardi, grazie alle generose elargizioni dell’imperatrice Adelaide di Borgogna. Nel ’200 furono i Doria a finanziare la costruzione dell’abbazia, ottenendo in cambio di poter impiegare la cripta attigua al chiostro inferiore come sepolcreto di famiglia: tra il 1275 e il 1305 vi vennero sistemate otto tombe in marmo bianco e pietra grigia, modello cromatico comune a molte chiese coeve dell’area tirrenica. Il ’500 vide il rifacimento del chiostro superiore per volontà dell’ammiraglio Andrea Doria; nel 1861 la casata acquistò l’intero complesso, ormai in degrado e destinato a subire ulteriori danni dall’alluvione del 1915. Dopo un primo intervento di restauro (1933), nel 1983 la proprietà fu donata al FAI. Nei due piani del corpo abbaziale del XIII secolo il recente restauro ha rivelato le strutture romaniche più antiche. Qui è stato allestito il Museo, che raccoglie documenti della storia edilizia dell’abbazia, della vita e delle attività dei monaci. In particolare sono esposte ceramiche da tavola e da cucina utilizzate dai religiosi fra il XIII e il XIV secolo. I manufatti, rinvenuti in un deposito scoperto durante i lavori di restauro, provengono dalla Liguria, dall’Italia meridionale e dai Paesi islamici.