In un paesaggio reso mutevole dalle maree che coprono o scoprono i fondali più bassi emerge l’isola in cui, secondo la leggenda, Francesco d’Assisi approdò nel 1220 al ritorno dal suo viaggio in Egitto e Palestina. Nel 1233 Jacopo Michiel, che vi aveva già fatto costruire una chiesa intitolata al santo, la donò ai francescani; l’appellativo ‘del Deserto’ risale al periodo in cui fu abbandonata, dal 1420 al 1453, a causa dell’insalubrità della Laguna. Tutt’ora vi abitano, in quiete assoluta, i frati minori, che accolgono e accompagnano i visitatori. Un canale e una stradina si inoltrano nel fitto anello di cipressi fino a raggiunge la piccola e semplicissima chiesa, costruita nel 1401, e il convento articolato intorno a un prezioso chiostro duecentesco e a un altro rinascimentale. Dal sottosuolo dell’isola sono emerse anche tracce di una frequentazione romana, con reperti del I, IV e V secolo d.C.