Il cortile prende nome dalla colossale pigna di bronzo, collocata sul ripiano della scalinata che si svolge a doppia rampa davanti al nicchione e posata su un grande capitello con l'Incoronazione di un atleta vittorioso. Bramante aveva progettato l'enorme cortile del Belvedere, steso per c. 300 m fra il palazzetto di Innocenzo VIII e il Palazzo Vaticano e racchiuso fra lunghi corridoi di raccordo, distanziati 70 m e scanditi in tre terrazze digradanti. Per la testata della terrazza superiore ideò un fondale architettonico con nel mezzo un'esedra a gradinate; su questa, più tardi, Pirro Ligorio elevò il nicchione (i pagamenti testimoniati datano dal 1562 al 1565), erroneamente ritenuto di Bramante, sistemato poi da Clemente XI che vi appose il proprio stemma. Nel 1587-88 il cortile fu interrotto a metà dall'ala longitudinale della biblioteca, eretta da Domenico Fontana per volere di Sisto V; sotto Pio VII, nel 1816-22, Raffaele Stern costruì, parallelo alla testata del nicchione, il Braccio Nuovo dei musei, cosicché lo spazio risultò diviso in tre parti: una meridionale che conserva il nome di cortile del Belvedere, una intermedia detta cortile della Biblioteca e quella più elevata detta cortile della Pigna. La pigna, opera romana trovata presso le terme d'Agrippa e firmata da un Publio Cincio Salvio, decorava probabilmente una fontana presso il tempio di Iside e Serapide e gettava acqua dalle punte; nel Medioevo dette il nome al rione Pigna e più tardi venne collocata nell'atrio dell'antica basilica di S. Pietro, dove alimentava il «cantharus». La fiancheggiano le riproduzioni di due pavoni in bronzo (gli originali si trovano nel Braccio Nuovo) che si ritengono provenienti dal mausoleo di Adriano; sotto, due leoni accovacciati, in basalto, sul cui basamento è il nome del faraone Nectanebo I (378-360 a.C.). Sul lato che costeggia il Museo Chiaramonti si trova una colossale testa, considerata un ritratto postumo dell'imperatore Augusto. Di Arnaldo Pomodoro è la Sfera con sfera, qui posta nel 1990.