Il museo si articola in varie sale. La sala degli Uccelli ospita circa 200 esemplari tassidermizzati provenienti dal territorio lacustre e montano circostante. Tra i più interessanti, alcuni grossi ardeidi, rari frequentatori della zona lacustre e una superba coppia di gallo cedrone. La sala dei Minerali presenta una collezione di minerali frutto di donazioni, di collaborazioni e di ricerche. Si compone di minerali appartenenti alle otto famiglie mineralogiche: in tutto 150 tipi di minerali, inventariati e classificati. La sala delle Farfalle espone la collezione di lepidotteri Bertoli Castellazzi donata al museo. Il materiale, distribuito in 50 scatole di lepidotteri, una di imenotteri e una di coleotteri, è esposto con gusto e sottolinea la grazia e la bellezza delle forme e dei colori. Il museo espone inoltre una collezione malacologica, la donazione Milesi, con esemplari mediterranei e oceanici classificati. Adiacente al museo si trova il giardino Milesi con alberi molto interessanti, tra cui due enormi cedri monumentali